学校狠抓临床技能教学质量，不断提高人才培养质量，尤其重视实践能力和创新能力培养，相继制订了与实验教学、临床技能培训、教学实验室建设与管理有关的一系列政策、文件和制度。2010年，学校修订了《福建中医药大学实验教学管理规程》、《福建中医药大学实验教学中心管理工作规程》、《福建中医药大学实验教学工作档案管理制度》、《福建中医药大学实验教学中心安全工作管理办法》、《福建中医药大学实验室废弃物管理办法》、《福建中医药大学化学危险品安全监督管理办法》、《福建中医药大学突发性环境污染事故应急处置预案》等制度。形成了有效的管理机制与体制，以此调动各方的积极性和创造性，形成良好的技术服务和条件保障。
1．中心实行独立编制、校级管理、主任负责制的管理模式。
2．2009年开始，逐步完善并制定 “实验教学管理体制”和“实验教学改革”等相关政策；对实验队伍建设实行“理论和实验教学队伍；实验教学和实验管理队伍”的“两并重”政策。
3．学校采取积极措施鼓励和支持学生在课余时间在开放式实验室进行实验、实践与科技创新活动，以推动本科生素质教育，提高实验教学水平和质量。
4．学校成立教学督导组，把实践教学纳入教学督导的重要组成部分定期开展实践教学质量检查和教学评估，按照实验教学示范中心的标准对中心进行评估检查。